Di tengah Perang Cawan Suci Kelima, Caster menetapkan rencananya untuk bergerak, dimulai dengan penangkapan Servant Saber Shirou. Dengan penyihir yang semakin kuat, Rin dan Archer menentukan dia adalah ancaman yang harus ditangani sekaligus. Tetapi ketika keseimbangan kekuasaan dalam perang mulai bergeser, Master dan Servant menemukan diri mereka berjalan dengan cara yang terpisah.
Sementara itu, meskipun kehilangan Pelayannya dan tersandung dari cedera, Shirou mengabaikan peringatan Rin untuk meninggalkan battle royale, memaksa masuk ke dalam perang melawan Caster. Bertekad untuk menunjukkan tekadnya dalam surat keputusannya untuk bertarung, potensi Shirou untuk menjadi pelindung rakyat diuji.
Di tengah pertumpahan darah dan kekacauan, motivasi masing-masing Guru dan Pelayan perlahan-lahan terungkap ketika mereka mengorbankan segala sesuatu untuk muncul sebagai pemenang dan mengklaim Cawan Suci.