Setelah Makoto Naegi dan rekan-rekannya yang selamat melarikan diri dari Hope’s Peak Academy ke dunia luar, mereka segera bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Tepat ketika semua tampak melihat ke atas, Naegi ditangkap dan diadili karena pengkhianatan karena membela kelompok Remnants of Despair yang jahat. Berdiri di depan semua eksekutif Future Foundation, dia menemukan dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina, menghadapi nasib yang tidak diketahui.
Masalah yang dihadapi hanya meningkat ketika keamanan organisasi yang seharusnya tidak dapat ditembus diretas oleh a
wajah familiar: Monokuma. Naegi ngeri, beruang mekanik segera mengumumkan dimulainya permainan pembunuhan baru, karena beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal keputusasaan untuk melanjutkan penaklukan brutal.
Sebagai penutup dari kisah harapan dan keputusasaan Danganronpa yang mencekam, Naegi, Siswa Beruntung Tingkat SMA Super, harus sekali lagi mengungkap misteri saat rekan-rekan dan teman-temannya mulai mendekatinya. Namun, tidak ada lagi uji coba kelas; Di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh — dan kematian mereka berarti akhir dari permainan neraka ini.
