Roanopur, kota bobrok di Thailand yang penuh dengan kejahatan. Kota ini terkenal sebagai pusat kegiatan dan operasi ilegal yang sering dipicu olah sindikat kejahatan lokal.
Rokurou Okajima merupakan seorang pengusaha Jepang biasa yang menjalani kehidupannya yang membosankan dan monoton. Ia kemudian mendapat kesempatan perjalanan bisnis ke Asia Tenggara. Namun, dalam perjalannya ia ditangkap oleh sekelompok tentara bayaran yang beroperasi di Roanapur, yang disebut dengan Black Lagoon. Kelompok ini berencana menjadikannya sebagai tawanan meskipun pada akhirnya gagal. Rokurou yang telah dikhianati dan ditinggalkan bosnya, memutuskan bergabung dengan Black Lagoon. Untuk bertahan hidup, ia harus cepat beradaptasi dengan lingkungan barunya yang kejam.
